Tras su formación, se unió a ConIFA, y se convirtió en uno de los equipos asiáticos invitados a jugar en la Copa Mundial de Fútbol de ConIFA de 2016 el 9 de enero de 2016. El equipo avanzó a los cuartos de final después de vencer al País Sículo por 1-0 en la fase de grupos, pero perdieron en los penales ante Chipre del Norte. ↑ «Francia gana el Mundial Sub-20 a Uruguay (7,5%) tras imponerse en la tanda de penaltis (10,5%)». FormulaTV. ↑ «Los Carniceros del Granada». Posteriormente, se enfrentó de nueva cuenta al Club Santos Laguna ahora en la gran final del torneo local cayendo por un global de tres por dos logrando solo el subcampeonato. Al año siguiente, el 21 de marzo de 2015 se llevó a cabo una ampliación de capital social de tres millones de euros que reafirmó el dominio de la nueva propiedad. Ese año obtiene el subcampeonato en el torneo nacional, detrás del América de Cali. Además ese mismo año se produjo el debut de Víctor Hugo Aristizabal, el 13 de agosto, frente al Pereira.
Además, como campeón de la Libertadores, tuvo el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino. Antes del comienzo del partido se realizaron una serie de actos en los que se le entregó a Aitor Puerta, hijo del jugador, su carné de socio y una camiseta del Sevilla con su nombre. Luego de una semifinal en compañía del Junior, América de Cali y Deportivo Cali, Nacional se perfilaba, junto a los «Diablos Rojos», como favorito al título. El arca del Unión Berlín en el río Spree. Nacional quedó en el grupo A con Medellín, Junior, Sporting y Unión Magdalena. En 1989, Nacional comenzó la copa en el grupo 3, acompañado por Millonarios, C. S. Emelec y Deportivo Quito. El segundo partido contra Emelec, en Guayaquil terminó también 1-1. El tercer partido del grupo, contra Deportivo Quito en el estadio Atahualpa terminó también 1-1. El 7 de marzo, camiseta inter de milan en Medellín cayó 0-2 ante Millonarios.
En el partido de vuelta ante Deportivo Quito, ganó por 2-1. El último partido de la primera fase, frente a Emelec, en Medellín, ganó 3-1. Millonarios ganó el grupo, con 10 puntos, seguido de Atlético Nacional con 7 y tercero Deportivo Quito con 4 puntos, clasificándose estos tres a octavos de final. Ganó 4 partidos y empató 2. Cabe destacar que Nacional se coronó de nuevo campeón frente al América de Cali como en 1981, luego de haberlo vencido 2-1. Ese año, en la Copa Libertadores avanzó nuevamente a las semifinales, donde de nuevo fue eliminado por Olimpia de Paraguay. En 1992, disputó la Copa Libertadores, pasó sin problemas la primera ronda. Sin embargo en la Copa logró sacarse la espina de las últimas finales perdidas y esta vez ganó su segunda Copa, la Copa de 1949 el 29 de mayo y de nuevo en Chamartín, donde ganó la primera. El 17 de diciembre de 1989, boca juniors camiseta Nacional jugó la Copa Intercontinental contra el A. C. Milan. En 1987, la junta directiva consideró que Nacional podía volver a sus inicios y contratar solo a jugadores colombianos. Los jugadores de la Eurocopa de Fútbol Sala de la UEFA 2016 intentarán ayudar a sus selecciones a llevarse la victoria, pero también tendrán la oportunidad de luchar por la gloria individual con la Bota de Oro, Plata y Bronce adidas.
Contando con solo 8 selecciones licenciadas. Al final quedó primero en el Apertura, seguido de América y Millonarios. Copa Libertadores. En el Finalización quedó cuarto, siendo quinto en la reclasificación, lo que le dio para avanzar a los cuadrangulares semifinales, y luego en esta fase quedó primero en el grupo. En el grupo final le correspondió enfrentarse al América, Junior y Santa Fe. Es la segunda mayor generadora de contenidos en español en el mundo, propiedad de Grupo Salinas. El español Antonio Recio dirigió en 2010 la película televisiva Los 33 de Atacama (también conocida como Los 33 de San José y Atacama’s 33), una coproducción hispano-colombiana que recrea el accidente, encierro y posterior rescate de los mineros, así como el ambiente que vivieron sus familiares y compañeros en el Campamento Esperanza. En 1986, tras el descenso del equipo a Segunda División, el club de baloncesto tomó identidad propia y en la temporada siguiente participó como entidad independiente en la Primera División B del baloncesto español con el apoyo de la Hoja del Lunes, y disputando sus encuentros como local en el pabellón municipal de Mislata. Años después las canchas de pádel fueron transformadas en una de fútbol cinco y en la actualidad se está estudiando la posibilidad de construir habitaciones y demás comodidades para los futbolistas juveniles que provengan del interior del país.
