2010-11: terminó 18.° de 20 equipos en total y en zona de promoción por no descender, producto de 9 victorias, 13 empates, 16 derrotas, camiseta futbol 44 goles a favor y 49 en contra; debiendo jugar la promoción de descenso ante Defensores de Belgrano con el que empató 2:2 en el global y por ventaja deportiva logró mantenerse en la categoría. 2008-09: terminó 11.° de 20 equipos en total y fuera de la zona de ascenso o promoción para ascender, producto de 13 victorias, 11 empates, 14 derrotas, camisetas de fútbol baratas 46 goles a favor y 48 en contra. A raíz de un presunto arreglo de partido entre Desamparados, ganador del Apertura que buscaba no caer en promoción de descenso para disputar la final por el ascenso, y San Martín de Mendoza, fue que Juventud Unida de San Luis protestó esa situación por medio de un video-denuncia al Tribunal de Disciplina del Consejo Federal y este último resolvió una quita de nueve puntos a ambos clubes con lo que dejó al Víbora en zona de promoción por no descender e imposibilitado de jugar la final por ascender, según lo estipulaba el reglamento, e Independiente beneficiado por ser el 1.° de la tabla general de puntos del torneo, y de acuerdo al mismo, reglamentado a jugar la final por el ascenso.
2004-05: integró la «Zona B» (Cuyo) del Torneo Apertura y terminó 5.° de 5 equipos en total y fuera de la zona de clasificación ya que el Consejo Federal le descontó 9 puntos por desmanes de su hinchada. Mientras, en Copa Colombia, Junior termina 2° del grupo A con 21 puntos (1 menos que el líder Atlético de la Sabana), clasificando a la segunda fase del torneo. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Millonarios, Nacional y Tolima. Su debut oficial en Boca se dio el 11 de marzo en el primer partido de Boca de la segunda mitad del Campeonato contra Banfield, Junior empezó como suplente y luego entró en el segundo tiempo por Centurión, el partido terminó 2 a 0 a favor del equipo Xeneize. 2022: terminó 9.° de 37 equipos en total y en zona de clasificación al torneo reducido de play-off por el segundo ascenso, donde eliminó a Almagro en primera instancia, y luego fue eliminado por su clásico rival Gimnasia de Mendoza, producto de 15 victorias, 11 empates, 10 derrotas, 45 goles a favor y 34 en contra.
2021: integró la «Zona B» y terminó 3.° de 18 equipos en total y en zona de clasificación al torneo reducido de play-off por el segundo ascenso, producto de 14 victorias, 14 empates, 6 derrotas, 47 goles a favor y 39 en contra. 2003-04: integró la «Zona Cuyo» del Torneo Apertura y finalizó 3.° de 5 equipos en total y fuera de la zona de clasificación. 1979: integró la «Zona C» y terminó 6.° de 7 equipos en total, producto de 3 victorias, 5 empates, 6 derrotas, 13 goles a favor y 20 en contra. 2006-07: integró la «Zona B» del Torneo Apertura y terminó 1.° de 8 equipos en total y en zona de clasificación a los cuartos de final donde cayó derrotado ante Juventud Antoniana en los penales por 4:2, luego de empatar en el global 4:4. En el Clausura, terminó 2.° y en zona de clasificación a los cuartos de final, con el aliciente de haber mandado nuevamente a su clásico rival al descenso que no terminó siendo por lo explicado más adelante. 2023: integró la «Zona B» y terminó 1.° de 18 equipos en total y logró el ascenso a la Primera División de Argentina por primera vez, después de ganarle a Almirante Brown en la final, producto de 20 victorias, 8 empates, 6 derrotas, camisetas de futbol replicas 51 goles a favor y 33 en contra.
En la segunda fase, fue parte del «Grupo 2» finalizando 3.° de 8 equipos en total y en zona de clasificación a la fase final, donde estuvo en el «Grupo 2» y cerca de lograr el ascenso al terminar 2.° de 5 equipos en total por debajo de San Martín de Mendoza, quien ascendió al ganar también su último partido correspondiente. 1977: integró la «Zona A» y finalizó 3.° de 8 equipos en total, producto de 6 victorias, 5 empates, 3 derrotas, 24 goles a favor y 20 en contra. 2020: integró la «Zona A» y terminó 8.° de la fase segundo ascenso, producto de 1 victoria, 1 empate, 5 derrotas, 3 goles a favor y 11 en contra. 2012-13: terminó 12.° de 20 equipos en total y fuera de la zona de ascenso, producto de 12 victorias, 12 empates, 14 derrotas, 33 goles a favor y 36 en contra.
