Sin embargo, Maradona acabaría desestimando los intereses del club millonario y en cambio empezó a ejercer presión para ser transferido a su máximo rival, Boca Juniors, de quien tenía una longeva afición por su parte y de su familia. La reflexión de gran parte de los historiadores del fútbol argentino se basa en la ganancia y el beneficio que obtuvo la entidad en no contemplar su historia hasta el momento. El gol anotado en el Estadio Santiago Bernabéu, y que supuso la victoria barcelonista, provocó la ovación del público madridista, que reconoció la belleza del gol pese a ser marcado por el conjunto rival. Tras la victoria del astro argentino contra la squadra azzurra en San Paolo en las semifinales del Mundial, nada volvió a ser lo mismo para el pibe. El 1 de marzo por la tercera fecha anota el único tanto para la victoria de Boca Juniors por la mínima 1-0 sobre Atlético de Rafaela, Tras una buena jugada de Nicolás Lodeiro y la habilitación de Federico Carrizo. En julio de 2022, tras finalizar la temporada con Aris de Limassol, el defensor regresa a Boca Juniors en condición de jugador libre.
Las mala campaña que venía arrastrando el club tras su temporada anterior culminaron en un nuevo descenso en 1980 tras empatar en la última fecha 3 a 3 frente a Deportes Aviación. Maradona fue operado en Barcelona por el doctor González Adrió, y pese a que las primeras evaluaciones diagnosticaron un periodo de recuperación de hasta seis meses, reapareció solo tres meses y medio después, el 8 de enero de 1984, cuando contribuyó con dos goles a que el Barcelona derrotase al Sevilla por 3-1. Al final, Maradona solo pudo jugar 16 partidos aquella temporada, en los que marcó un total de 11 goles, por lo que no pudo contribuir a que el Barcelona consiguiera el campeonato: quedó tercero. En enero de 1982 se disputó el Torneo de Verano, donde Maradona jugaría sus últimos encuentros en Boca ya que luego debió concentrarse con la selección para el Mundial de España.
Esta mala actuación se debió a la gran cantidad de partidos amistosos que disputaba Boca para mejorar su situación económica, que terminaron agotando a los jugadores. Así, los vecinos adinerados del barrio de San Telmo, decidieron trasladarse hacia el norte, donde había una mayor cantidad de espacios verdes y una menor densidad poblacional. ↑ «A tres años del ataque de los hinchas de River al micro de Boca: «Fue un robo y estuvo armado»». Boca volvió a salir campeón luego de 6 años sin títulos, al obtener el Torneo Apertura invicto y que Palermo fue el goleador del campeonato, marcando 20 goles en 19 partidos disputados (promedio 1,05), récord en torneos cortos de la Primera División de Argentina. Néstor Ortigoza fue convocado en diciembre de 2008 por Diego Maradona para integrar la selección absoluta de Argentina, en un plantel compuesto por: Agustín Orion, Gonzalo Bergessio, Franco Zuculini, Maximiliano Moralez, Mariano Andújar, Marcos Angeleri, Jesús Dátolo, Juan Forlín, Matías Caruzzo, Sebastián Blanco, Cristian Villagra, Emiliano Papa y Daniel Montenegro, todos jugadores del torneo local, con el propósito de disputar un encuentro amistoso informal contra el Club Social y Deportivo Tristán Suárez, equipo de la Tercera División de Argentina.
Con el buen desempeño de la temporada 1984-85, los dirigentes se dieron cuenta de que podían pelear el título, por lo que decidieron mejorar la plantilla contratando a jugadores que habían tenido un buen desempeño, como Claudio Garella y Bruno Giordano, a quien Diego había intentado convencer durante sus enfrentamientos en la cancha y quien acabaría volviéndose uno de sus grandes socios en la delantera. Aunque en un principio el Barcelona aceptó el partido, luego les confirmó a los italianos que Maradona no podía asistir porque estaba «enfermo», aunque en realidad querían evitar una posible lesión, que se había vuelto un problema constante para Diego en el club español. Durante la semifinal, Maradona fue expulsado al ver una tarjeta roja, camisetas de futbol lo que en principio le impedía jugar la final. En un principio la relación con Silvio Marzolini, al igual que con muchos de los entrenadores que lo dirigieron, no era del todo buena ya que no le brindaba las mismas prerrogativas que poseía en Argentinos Juniors, y tenía ciertas exigencias, en cuanto a concentraciones y entrenamientos, que Maradona no soportaba. Tras el histórico tercer puesto conseguido la temporada anterior, el equipo se había motivado para superarse, sumado a los fichajes de Di Napoli y del goleador Andrea Carnevale.
