El reconocimiento también llegó por parte de la FIFA, que se reunió con BSWW, la entidad principal de la creación y el crecimiento del fútbol playa, camisetas fútbol baratas creando una colaboración muy prometedora. A partir de 2008 la denominación de la Primera División estuvo asociada al BBVA, su principal patrocinador, denominándose “Liga BBVA”, mientras que la Segunda División era la “Liga Adelante”. Tras estas temporadas de sufrimiento acaban con las dos mejores temporadas de la historia hasta el momento en las que está a punto de clasificarse para la fase de ascenso a Segunda División en 1996 y 1997. Después de estas dos buenas temporadas el equipo se salva sin problemas pero tras una desastrosa temporada 1999-00 el equipo acabó en 18.ª posición descendiendo a Tercera División. Fue una temporada sensacional de los fuensalidanos, que además lograron vencer al C.D. Ese día los once que defendieron de inicio la albiceleste fueron: Caballero; Gámez, Demichelis, Weligton, Monreal; Camacho; Portillo, Isco, Eliseu; Joaquín y Saviola. Con el nuevo entrenador se decidió descartar a algunos integrantes de la plantilla y reforzarla con jugadores como Enzo Maresca, Martín Demichelis, Ignacio Camacho o Julio Baptista. El Málaga formó esa velada de inicio con: Caballero, Gámez, Demichelis, Weligton, Antunes, Iturra, Toulalan, Joaquín, Baptista, Isco y Saviola.
Isco Alarcón y la incorporación más cara de la historia del club, Santi Cazorla, camiseta manchester united contratado por veinte millones de euros y procedente del Villarreal CF. Se acordó la venta del guardameta Giorgi Mamardashvili al Liverpool por 35 millones de euros pero continuando en calidad de cedido una temporada más en el Valencia. La temporada 2000/01 consolidó la práctica totalidad de la plantilla del año anterior salvo por la marcha de Catanha al Celta de Vigo por un elevado montante económico. El equipo no se reciente de esta reestructuración de la plantilla y vuelve a cuajar otro gran campeonato peleando por la disputa de competiciones europeas. Joaquín Peiró seguiría en el banquillo, pero la nueva directiva, a pesar de las muestras de descontento de la afición, daría salida a jugadores básicos en la plantilla como Rufete, De los Santos, Movilla o Agostinho, siendo sustituidos por otros nuevos jugadores como Duda, Gerardo, Marcelo Romero, Litos o Miguel Ángel. Allí, el sorteo de diciembre de 2009, la ubicó como segunda del grupo G, junto a Brasil, Costa del Marfil y Corea del Norte. Nacional de Montevideo, correspondiente a la XXIV edición del Trofeo Costa del Sol.
Panamá logra pasar a la última ronda junto con Costa Rica, Honduras, Jamaica, México y Estados Unidos. Ese mismo verano, Fernando Sanz, hijo del expresidente del Real Madrid, Lorenzo Sanz, se hizo con el control del 97% de las acciones de la sociedad, convirtiéndose en presidente del club. Ante la negativa del propietario a realizar nuevas inversiones millonarias y agobiado por presiones económicas tras la sanción impuesta desde la UEFA, el equipo realizó una temporada muy irregular en la que queda clasificado undécimo en La Liga y en la que las tácticas del entrenador teutón no obtienen la aceptación de gran parte de la grada de La Rosaleda, por lo que el club decide rescindir su contrato y dar comienzo a un nuevo proyecto bajo la tutela del navarro Javi Gracia. Con el técnico cordobés, el Málaga consiguió 36 puntos en 20 partidos, incluyendo un 1-6 ante el Osasuna, la mayor goleada de la historia del club. El descenso se confirmó matemáticamente el 19 de abril de 2018, a falta de cinco jornadas, tras caer en el minuto 90 por un gol a cero en el Estadio Ciudad de Valencia ante el Levante U. D.. En él, caería en la primera eliminatoria ante el Real Club Deportivo de La Coruña.
Después de una temporada 2017-18 caracterizada por el colapso deportivo e institucional, el club desciende a Segunda División tras diez temporadas en la máxima categoría. Tras una temporada marcada por el fracaso económico del club y nueva venta de jugadores, el Málaga descendió a Segunda División en la 2005/06, siendo la entidad puesta en venta. Después de dos temporadas en la división de plata, el 15 de junio de 2008, en la última jornada, el equipo logró el ascenso a Primera tras ganar por dos goles a uno al Club Deportivo Tenerife, ambos tantos malaguistas anotados por el centrocampista Antonio Hidalgo. Fue por el motivo de recuperar la Segunda División y obligar la reglamentación del momento a jugar en un campo con vallas e iluminación. La Unión Deportiva Biescas disputa sus partidos como conjunto local en el Campo Municipal de Fútbol del Polideportivo Fernando Escartín Coti, recinto nombrado en homenaje al conocido ciclista de la localidad.
