Inmediatamente después del descenso a Tercera División, y en medio de una gran crisis resultado de la nefasta gestión por parte de Celso González y Eugenio Prieto, se gestó el cisma que habría de sufrir el fútbol de la ciudad de Oviedo. Lola Gallardo es la tercera jugadora con más partidos, al haber jugado más de 300 encuentros desde 2012, y ser la única jugadora en ganar un Trofeo Zamora, en 2024. Silvia Meseguer, en el club entre 2013 y 2022, es la tercera jugadora con más partidos, acumulando 270. Nagore Calderón es la quinta jugadora con más partidos jugados tras Priscila, con más de 200 partidos jugados entre 2009 y 2016. Carmen Menayo también supera los 200 partidos disputados. El mes de mayo de 2009 fue histórico para el club, con el doble ascenso de los dos equipos. Las primeras temporadas fueron muy decepcionantes sin que en ningún momento se diese la circunstancia de pensar en el ascenso a Primera División. La temporada 2000-01 comenzaba en un nuevo estadio, con la vuelta al banquillo de Radomir Antić, pero con el mazazo de la muerte en accidente durante las vacaciones de Peter Dubovský. El 17 de junio de 2001, se jugaba la última jornada liguera en Primera División, y el Real Oviedo se había mantenido toda la temporada fuera de los puestos de descenso.
En la primera de las temporadas estuvo líder, hasta la penúltima jornada antes del descanso navideño -la jornada 12 de 26-, en el que sería su primer año liderando la Liga, finalmente quedó 4.º empatado a puntos con el 3.º. La siguiente temporada no defraudó, fue aún mejor que la anterior y consiguió liderar la Liga hasta la jornada 16 de 26, aunque finalmente acabó quinto. Habían sido 13 temporadas consecutivas en la máxima categoría en las que se había logrado el hecho histórico de participar en competición europea. El ayuntamiento, contra lo que había auspiciado durante la campaña electoral de ese año diseñando un plan de reflotamiento de la entidad, decidió liderar la opción que ya se ha hecho con muchos otros clubes de España, la refundación del club a partir de otro preexistente. La campaña 1941-42 fue todavía peor y se tuvo que jugar la promoción para evitar el descenso a Segunda División contra el C. E. Sabadell F. C., salvando la categoría ganándole por 3-1 al conjunto catalán. Por entonces, el humorista catalán Valentí Castanys satirizaba a los seguidores del R. C. D. Español como los cuatro gatos negros, por el escaso número de socios de la entidad.
En los cuatro últimos partidos de liga, con Collin Addison en el banquillo, es necesario el triunfo y se consigue ganándolos todos por 1-0. En uno de ellos se dio el curioso caso que ganó 0-1 en Tenerife sin tirar ni una sola vez a portería; el gol fue obra del defensor local Manolo Hierro en propia puerta. El Sevilla Atlético, pese a su condición de filial, realizó un buen torneo tras medio siglo sin competir en la categoría de plata con Manolo Jiménez en el banquillo, camiseta alemania finalizando en novena posición y llegando a estar entre los tres primeros algunas jornadas. Al final de la temporada, el Córdoba finalizó 4.º, sólo por detrás de Oviedo, Racing y Sevilla. Al final de esa temporada, Paquito y Sánchez Lage fueron traspasados al Valencia C. F. y, en la siguiente, Iguarán al R. C. D. Mallorca y José María al R. C. D. Español. En la zona bajo el control del gobierno republicano, al este de la península, en 1937, uno de los equipos de la zona, el Valencia Football Club, impulsó la disputa de una Copa de España tras haber obtenido la cesión de un trofeo para el campeón por parte del Presidente de la República Española.
España ganó a Checoslovaquia por 2-1 y con ello Miera consiguió su primera victoria como seleccionador. En la fase de grupos, Chile venció a Australia por 3:1, derrotó a España por 2:0 -resultado que lo clasificó a octavos de final y eliminó a los campeones vigentes-, y perdió ante los Países Bajos por 2:0, quedando segundo en el grupo B con 6 puntos. Sin embargo, el Real Oviedo se reforzó con Emilín y, sobre todo, con el que llegaría a ser auténtica alma del equipo hasta su retirada: Herrerita, fichado al Real Sporting de Gijón por la astronómica cifra para la época de 30 000 pesetas, camiseta fútbol el segundo fichaje más caro del fútbol español hasta el momento tras el de Ricardo Zamora por el Real Madrid C. F.. A pesar de los inconvenientes, el Real Oviedo logró el primer puesto en el campeonato regular, pero falló en lograr el ascenso contra el Atlético Arteixo ante los más de 20 000 aficionados que se dieron cita en el Carlos Tartiere. Sid Lowe, se sumaron más de 30 000 accionistas repartidos por todos los continentes.
